紧密围绕地方经济和社会发展创新专业设置
学校在升本之初，一方面积极扶持发展在专科教育时的机械、电子等优势学科，另一方面在深入调研的基础上，根据就业市场需求动向，特别是就业反馈，组织校内外专家精心编制面向市场的本科教学计划。2000年，学校对首批12个专业的培养目标、规格要求和课程体系进行了全面论证；为应对我国加入世贸组织对本科人才培养提出的新要求，2002年，学校对各专业人才培养方案再次进行了论证和修订；为适应深化学分制改革需要，2005年，学校对所有本科专业人才培养方案进行了又一轮全面论证和修订。目前，全校38个本科专业，基本上都是面向地方经济和社会发展的应用型专业。
在加强专业建设的同时，学校还构建了较为完善的“平台+模块”课程结构体系，逐步完善了以提高基础理论和专业知识为目标的理论教学体系、以提高实践能力和创新精神为目标的实践教学体系、以提高综合素质为目标的素质拓展体系，初步形成了具有本校特色、体现应用型人才培养要求的人才培养方案，保证了学生在校期间能够学到较为前沿的知识和理念，使学校的毕业生始终能够跟上社会经济发展节拍。根据企业生产需求开设课程，将教学内容、教学环境和企业的工作内容、工作环境统一起来，采取产学结合、工读交替的复合培养模式，真正实现了人才培养目标和企业实际需要的“零距离”。如学校连续三年为本地重点企业淮阴卷烟厂开设专门教学班。2006年富士康集团落户淮安后，学校邀请公司领导前来考察，介绍学生专业学习情况，围绕他们的人才要求合理调整学生课程学习，定向培养人才。
立足增强学生创新意识和实践能力坚持教学改革
淮阴工学院素有重视培养学生动手能力的良好传统。学校在还是专科教育的时候就特别重视实践教学。升本后，这一优势和特色得到了进一步发扬。学校在制定各专业人才培养计划时，都设置了与本科人才培养目标相适应的实习和实训环节，明确各类实习实训教学环节的质量标准，构建了较为完善的实习实训教学管理与质量监控体系。目前学校已建成包括机电工程、电工电子、交通工程等校内实习实训基地15个，建立了包括中石化、江苏沙钢集团淮钢特钢公司、今世缘酒业、南京熊猫电子、南京晨光集团、徐工科技集团、淮阴卷烟厂等一批知名企业在内的稳定的校外实习基地186个。各专业人才培养方案中，工、理类专业实习实训等独立设置的实践教学环节超过40周，经、管、文、法类专业超过30周。在校内实习实训指导教师中有21人具备省高级考评员资格。学校还聘请了一批校外实习基地的专家、工程技术人员作为实习教学的兼职指导教师，一起参与实习教学环节指导、实习教学计划的制定及实习教学内容的改革。
从05级学生开始，为了进一步培养学生的动手能力，学校还在所有工科专业中都实行了学业证书与职业资格证书并存制度，学校将金工实习拓展为工程训练中心，增加先进制造技术实习时间，同学们通过自己设计、自己加工各种精美别致的小零件，有效增强了自豪感和成就感；将电工电子实习拓展为电子电工教学实验中心，增加电子电工实习内涵，使学生较早地接触工程实际。由于制度健全、管理到位，实习和实训教学质量不断提高，取得了良好的效果，学生肯干、能干、实干的优良品质得到了实习单位与兼职实习指导教师的广泛好评。淮钢集团公司、江苏金象集团公司等实习单位每年都定向从学校实习学生中招聘职工。
实践动手能力的提高也激发了学生参与科研创新的兴趣。在电子信息工程系的创新实验室，四年来已接收268名学生来自主研究，有69名学生在各级电子设计竞赛中获得奖励；机械工程系利用本系的创新实验室，积极组织学生开展航模、机器人等项目。中央电视台科普类栏目《异想天开》摄制组也专程来学校制作了5期科技发明节目，引起了社会的广泛关注。
人才培养注重学生综合素质的提高
在淮阴工学院，大学生艺术节、大学生读书节、大学生辩论赛、大学生英语演讲比赛、高雅艺术进校园等活动争奇斗艳。虽然是工科院校，但浓郁的人文气息沁人心脾。院党委副书记陈明辉说，近年来，我们十分关注学生综合素质的提高，千方百计培养出“德才兼备”的学生。
学校不光在校园文化方面注重营造科学精神和人文精神相融合的氛围，还开设了自然科学与工程技术类、人文与社会科学类、艺术美育类等几大类别公共选修课程，由学生自由选择，并规定每个学生均应修满10学分该类课程。要求文科（含经管）类学生须修满6学分自然科学和工程技术类课程，理工科类学生应修满6学分人文社科类课程。所有学生（艺术类除外）应选修2学分艺术类课程。学校在工商管理类、电子信息类专业中实施了大类招生分流培养试点，将大类招生与基础平台搭建有机结合，将后期分流与专业（方向）模块构建有机结合，加强基础，增强专业教育的社会适应性和学生的就业竞争力；实行主辅修制，鼓励学有余力的学生充分利用学校的教育资源，修读辅修专业，有效提高了大学生的人文素质和科学素质，涌现出许多德才兼备、复合型的优秀学生。
学生在社团活动中也找到了自己的兴趣，提高了能力，增长了才干。全校现有学术科技类、文化艺术类等社团52个，每个学生都可以根据自己兴趣爱好在找到适合的社团。在历年暑期“三下乡”、淮扬菜美食文化节、江苏海外之友联谊会等活动中，社团都发挥了突出的作用，赢得了社会的赞扬。机械工程系“红帽子”青年志愿者服务队，数年如一日帮扶父母都是残疾人的孩子陆阳阳，不但捐钱捐物供其读书，而且每天前往其家里辅导功课，使陆阳阳茁壮成长为江苏省十佳“希望之星”。
近三年，学校毕业生就业率分别为96.34%、98.21%、98.60%，均居全省同类高校前列，超过全国毕业生就业率平均水平。2006年学校对沪、宁及苏锡等地300余家用人单位跟踪回访中，用人单位对该校的毕业生满意率达93.27%。